源出有六：

源流一、出自春秋时晋国公族。据《元和姓纂》和《辞源》所载，春秋时晋献侯四世孙奚为晋大夫，食邑与祁（今山西省祁县东南十五里处古县镇），遂以邑为氏。

源流二、出自姬姓，皇帝之后。据《广韵》所载，黄帝二十五子，得姓者十四人为十二姓，中含祁姓。

源流三、出自陶唐氏，是尧的后代。据《姓氏考略》所载，帝尧伊祁氏之后有祁姓。

源流四、据《路史》所载，少昊之后有祁姓。

源流五、周时司马祁父之后，以名为氏。一说祁父乃管理兵甲之事的官职，后世以官命姓。

源流六、出自他族改入。清满洲人姓，世居沈阳；又，清满洲八旗姓奇德哩氏后改为单姓祁；清时甘肃西宁（今属青海省）土司，甘肃碾伯县（现今青海省乐都）土司为祁姓，乃蒙古人；土族祁噶氏，汉姓为祁；今土家、彝、满、保安、东乡、回等民族均有祁姓。

祁姓得姓始祖：祁奚（字黄羊）。春秋时晋国大夫。晋悼公时任军中尉，后因年迈清退，初荐其仇人解狐代己。因解狐未及赴任而卒，又荐己子祁午以代，孔子赞曰：“外举不避仇，内举不避亲，可谓尚公矣！”晋平公即位后，被任为公族大夫。本为姬姓，晋平公一年（前556）食采于祁，遂以地为氏改姓氏为祁。后世子孙遂尊祁奚为其得姓始祖也。